Я не могу использовать режим cookie аутентификации потому что Internet Explorer не сохраняет куки.

MS Internet Explorer , по всей видимости, действительно имеет некоторые баги при работе с куками, по крайней мере до 6-й версии. Также замечен баг PHP 4.1.1 при работе с куками! В случае если у Вас установлен PHP 4.1.1, пробуйте обновить или понизить версию..., это может сработать.

Источник: гениальное народное творчество